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기업합병을 했는데 과세관청이 고액의 법인세를 물렸습니다.

변호사_이민2018.Jul.09

기업합병을 했는데 과세관청이 고액의 법인세를 물렸습니다.

질문

기업합병을 했는데 합병신주 가액과 순자산의 가액이 영업권에 해당하니 법인세 과세대상이라고 합니다. 어떻게 하면 좋을까요.


답변

실무상 여러 문제점이 있고 해석상 논란이 있어 왔으나, 최근 대법원이 구체적인 사안에서 달리 판단할 수 있다고 보았습니다.


대법원 판례

주식회사를 흡수합병하고 기업회계기준에 따라 합병신주의 가액과 순자산 공정가액의 차액을 영업권으로 회계장부에 계상하였는데, 과세관청이 위 금액은 합병평가차익으로 익금에 산입되어야 한다고 보아 甲 회사에 법인세 부과처분을 한 사안에서, 甲 회사가 장부에 계상한 영업권이 세법상 자산으로 인정되는 영업권에 해당한다고 보기 어렵다고 한 원심판단에 법리오해 등의 잘못이 있다(2018. 5. 11. 선고 2017두54791 판결)라고 판단하였습니다. 반면, 제반 사정에 비추어 甲 회사가 회계장부에 영업권으로 계상한 금액은 관련 기업회계기준에 따른 것으로 보일 뿐이고, 피합병법인인 乙 회사의 상호⋅거래관계 그 밖의 영업상 비밀 등을 초과수익력 있는 무형의 재산적 가치로 인정하고 사업상 가치를 평가하여 대가를 지급한 것으로 보기 어려우므로 세법상 영업권의 자산 인정 요건을 갖추었다고 할 수 없어 영업권에 관한 회계상의 금액을 합병평가차익으로 보아 과세하는 것은 허용되지 않을 뿐만 아니라 합병 신주의 가치가 피합병법인의 순자산가액을 초과한다는 점 등의 사정만을 들어 과세요건을 갖추었다고 추단할 수는 없다(2018. 5. 11. 선고 2015두41463 판결)고 판단하기도 하였습니다.


판단근거

법인 합병의 경우 영업권 가액을 합병평가차익으로 과세하기 위해서는 합병법인이 피합병법인의 상호 등을 장차 초과수익을 얻을 수 있는 무형의 재산적 가치로 인정하여 그 사업상 가치를 평가하여 대가를 지급한 것으로 볼 수 있어야 한다. 이때 사업상 가치의 평가 여부는 합병의 경위와 동기, 합병 무렵 합병법인과 피합병법인의 사업 현황, 합병 이후 세무 신고 내용 등 여러 사정을 종합하여 객관적으로 판단하여야 하고, 기업회계기준에 따라 영업권이 산출된다는 것만으로 이를 추단할 수 없다.

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